Sebastian Muskalla wuchs in Solingen auf und studierte von 1997 bis 2001 Pantomime an der Folkwang Universität der Künste. Nach seinem Studium war er Gastschauspieler am Schauspielhaus Düsseldorf und von 2003 bis 2005 Ensemblemitglied am jungen Staatstheater Wiesbaden. Ab 2006 spielte er dann im Schauspiel des Staatstheaters Wiesbaden. Hier arbeitete er unter anderem mit Manfred Beilharz, Herbert Fritsch und Alexander Lang zusammen. Von 2010 bis 2013 war er gemeinsam mit seiner Ehefrau am Landestheater Marburg engagiert. Seit 2014 lebt Sebastian Muskalla mit seiner Familie in Frankfurt am Main und ist überwiegend freischaffend tätig. Stationen seiner freiberuflichen Tätigkeit sind u. a. das Landestheater Neuss, das Stadttheater Trier, Stadttheater Paderborn, die Frankfurter Volksbühne und die Heppenheimer Festspiele.